Yazdır

DERS BİLGİLERİ
Ders KodDers AdT+U SaatYarıyılAKTS
BIY 409BİYOLOJİDE BİLGİSAYAR UYGULAMALARI2 + 07. Yarıyıl 

DERS TANIMI
Ders Düzeyi Lisans
Ders Türü Seçmeli
Dersin Amacı Biyoloji alanındaki verilerin, analizlerin ve işaretlerin bilişim aracı olan bilgisayar yoluyla ifade edilmesini amaçlar.
Ders İçeriği Biyolojik işaretler, biyolojide bilişim sistemleri, Bilgisayar destekli analitik sistemleri, Bilgisayarın biyoloji alanındaki kullanımları.
Ders Ön Koşul Dersin ön koşulu yok.
Ders Yan Koşul Dersin yan koşulu yok.
Öğretim Sistemi Yüz Yüze

DERS ÖĞRENME KAZANIMLARI
1Biyolojik işaretlerin oluşumu ve özelliklerini açıklar.
2Biyolojik işaretlerin algılanmasında kullanılan dönüştürücüleri tanımlar.
3Biyolojik çözüm yöntemlerini bilişim sistemlerine uygular.
4Bilgisayarı oluşturan birimler hakkında temel bilgileri açıklar.
5Biyolojik işaretlerin bilgisayara alınması, işlenmesi ve görüntülenmesini gerçekleştirir.
6Biyolojik işaret ve görüntü saklanması ve iletimini ifade eder.
7Bilgisayar destekli analitik sistemlerin tasarlar.
8Bilgisayarın biyoloji alanındaki kullanımlarını örnekler.

DERS ÖĞRENME KAZANIMININ PROGRAM YETERLİLİKLERİNE KATKISI
NoPY 01PY 02PY 03PY 04PY 05PY 06PY 07PY 08PY 09PY 10PY 11PY 12
ÖK 001 453        
ÖK 002345     345 
ÖK 003            
ÖK 0044  3        
ÖK 0055  4        
ÖK 006            
ÖK 007   4 23     
ÖK 008            
Ara Toplam1281014 23 345 
Katkı211200000110

AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
EtkinlikSayısıSüresi (Saat)Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Süresi(14 hafta/teorik+uygulama)13226
Ödevler111
Sınav23264
Toplam İş Yükü

Dersin AKTS Kredisi






91

DERS ŞUBELERİ
 Dönem seçiniz :   


 Ders DönemiŞube NoDersi Veren Öğretim Elemanı
Detay 2020-2021 Güz1GÜRÇAY KIVANÇ AKYILDIZ


Yazdır

Ders Şube Detayları
Dersin Kodu Dersin Ad Saat (T+P) Şube No Öğretim Dili Şube Dönemi
BIY 409 BİYOLOJİDE BİLGİSAYAR UYGULAMALARI 2 + 0 1 Türkçe 2020-2021 Güz
Öğretim Elemanı  E-Posta  İç Hat  Ders Yeri Devam Zorunluluğu
Dr. Öğr. Üyesi GÜRÇAY KIVANÇ AKYILDIZ gkakyildiz@pau.edu.tr FEN B0112 Dersin Devam Yüzdesi : %70
Amaç Biyoloji alanındaki verilerin, analizlerin ve işaretlerin bilişim aracı olan bilgisayar yoluyla ifade edilmesini amaçlar.
İçerik Biyolojik işaretler, biyolojide bilişim sistemleri, Bilgisayar destekli analitik sistemleri, Bilgisayarın biyoloji alanındaki kullanımları.
Haftalık Konu Başlıkları
HaftaKonular
1 Biyolojide Bilgisayar Uygulamaları’na Giriş, Kullanılacak yazılım ve programların genel olarak tanıtılması
2 Veri seti tanımı, veri analizi ve veri madenciliği nedir? Konu başlıklarının işlenmesi
3 Açık kaynak erişim portalları ve lisanslı yazılımların tanıtılması
4 R studio programı kurulumu ve temel R yazılım kodlarına giriş
5 R kodları ile basit işlemlerin yapılması, matriks, vektör ve veri seti işlemlerinin R üzerinden gerçekleştirilmesi
6 Biyoloji konuları ile ilgili temel istatistiksel işlemlerin R kodları ile hesaplanması ve ihtiyaca yönelik fonksiyonların geliştirilmesi-I
7 Biyoloji konuları ile ilgili temel istatistiksel işlemlerin R kodları ile hesaplanması ve ihtiyaca yönelik fonksiyonların geliştirilmesi-II
8 Çok değişkenli analizler ve ordinasyon grafikleri
9 Biyoinformatik alanında da ihtiyaç duyulan table(), length() fonksiyonları ve döngü operatörlerinin öğretilmesi
10 DNA sekans istatistiği’ne giriş ve SeqinR fonksiyonunun kullanımı
11 NCBI veritabanına bağlanılması ve sorgu oluşturulması, belirli bir genom için ilgili sekansın bulunması
12 ImageJ programının kurulumu ve genel tanıtımı
13 ImageJ programı ile ölçüm yapılması, kalibrasyon ve ölçeklendirme
14 Latex ve Texmaker yazılım ve programlarının tanıtılması
Materyaller
Materyal belirtilmemiştir.
Kaynaklar
KaynaklarKaynak Dili
An introduction to R https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.pdfEnglish
A little book of R for Bioinformatics Release 0.1 Avril Coghlan 2017English
ImageJ user Guide https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdfEnglish
Latex for Beginner http://www.docs.is.ed.ac.uk/skills/documents/3722/3722-2014.pdfEnglish
İlgili öğretim elemanı tarafından hazırlanmış görsel işitsel konu anlatım dosyalarıTürkçe
Ders Değerlendirme Sistemi
Değerlendirme YöntemiKatkı Yüzdesi (%)Değerlendirme Yöntemi Ad
Dönem Sonu Sınavı50Dönem Sonu Sınavı
Ara Sınav50Ara Sınav
T+U : Teorik + Pratik
PY: Program Yeterlilikleri
ÖK: Ders Öğrenme Kazanımları